《동의보감》 〈서문〉에는 선조 임금이 백성들이 병으로 앓는 것을 걱정하여 허준을 불러 다음과 같이 지시하고 있음을 밝히고 있습니다. “요즘 조선이나 중국의 의학책들은 모두 변변치 않고 보잘 것이 없으므로 그대는 여러 가지 의학책을 모아서 좋은 의학책을 하나 편찬하는 것이 좋겠다. 그런데 사람의 병은 다 몸을 잘 조절하지 못하는 데서 생기므로 수양하는 방법을 먼저 쓰고 약과 침, 뜸은 그 다음에 쓸 것이며 또 여러 가지 처방이 복잡하므로 되도록 그 중요한 것만을 간추려야 할 것이다. 산간벽지에는 의사와 약이 없어서 일찍 죽는 일이 많다. 우리나라에는 곳곳에 약초가 많이 나기는 하나 사람들이 잘 알지 못하니 이를 분류하고 지방에서 불리는 이름도 같이 써서 백성들이 알기 쉽게 하라.” 즉 동의보감은 첫째, 의원과 의학책은 많았으나 정확한 학설이 없을 뿐만 아니라 무지한 의원들이 처방의 뜻을 제대로 해석하지 못해 약을 잘못 쓰는 경우가 많고, 둘째 전쟁으로 전국이 황폐하여 병자가 치료를 받을 수 없는데다가 의학책마저 부족하였으며, 셋째 의원으로서 인간의 생명을 구하고 나아가 어진 정치를 펴고자 하는 국왕의 뜻을 받들어 편찬된 것입니다.

이러한 목적으로 편찬된 《동의보감》은 몇 가지 의의를 가지고 있습니다. 첫째, 그 때까지의 의학서와는 달리 지극히 과학적 입장에서 당시 의학계의 모든 지식을 정리하였습니다. 둘째, 우리나라의 약 재료와 그것으로 만든 제품인 향약(鄕藥 ：우리나라에서 나는 약초로 만든 약품)의 중요성을 인식하고 그 이용과 보급을 강조하였으며, 이를 위해 향약 중 640개의 이름을 한글로 표기하여 쉽게 이용토록 함으로써 우리나라 의학을 부흥시키고자 하였습니다. 셋째, 80여종의 많은 국내외 의학책들을 참고하여 편찬했기 때문에 내용이 풍부하여 시간이 없는 임상의에게 매우 유용하게 활용되었습니다. 넷째, 우리나라 의학 수준을 세계에 과시하였습니다. 즉, 병의 증상에 따라 병에 대한 해설과 약 처방을 모두 수록하였고, 출전과 민간 처방 및 본인의 경험까지 기록하여 의원들의 욕구를 충족시킬 수 있었기 때문에 국내는 물론 중국과 일본에서도 여러 차례 간행되었습니다. 우리나라 사람이 쓴 책이 이렇게 많은 사람들에게 읽히기는 이 책이 처음이었습니다. 다섯째, 이 책에서 허준은 우리나라 의학을 하나의 독립된 의학으로 간주하고 있습니다. 그는 중국 의학을 북의와 남의로 나누고 우리나라 의학을 동의라 하였는데, 그것은 조선이 단지 동쪽에 있다는 지역적인 이유에서가 아니라 독자적으로 의학을 연구하여 왔기 때문이며, 이로써 한국 의학이 중국과 대등한 전통과 수준을 지니고 있음을 주장하였던 것입니다.